Puteri Kamalah, orang ketiga yang telah dipersiapkan oleh Ratu Safiatuddin untuk memimpin pemerintahan kerajaan Aceh Darussalam, dinobatkan pada hari meninggalnya Ratu Zakiatuddin, yaitu sebelum upacara pemakamannya. Puteri Kamalah menjadi Sultanah dengan gelar Seri Ratu Kamalatuddin Inayah Syah.
Meninggalnya Ratu Zakiatuddin dipergunakan sebaik-baiknya oleh kelompok politisi yang memperalat "kaum wujudiyah" untuk merebut kekuasaan. Karena itu penobatan Ratu Kamalat Syah mengalami goncangan. Dalam kelompok orang yang ingin merebut kekuasaan termasuk beberapa orang hulubalang yang merasa telah kehilangan beberapa hak istimewa mereka sejak pemerintahan Ratu Safiatuddin, yang karena itu tidak puas dengan pemerintahan seorang Ratu. "Kaum Wujudiyah" terus menerus merongrong agar kerajaan tidak boleh lagi dipegangoleh seorang wanita. Diantara tokoh yang mempelopori perebutan kekuasaan itu ialah Syarif Hasyim, seorang dari Syarif bersaudara yang datang ke Aceh bersama-sama dengan Syarif Mekkah kira-kira tujuh tahun sebelumnya.
Dalam bukunya "Tarich Raja-Raja Kerajaan Aceh". M . Yunus Jamil melukiskan keadaan pada masa itu sbb :
"...diangkatnya Ratu ini (Kamalat Syah) menjadSultanah Kerajaan Aceh Darussalam menimbulkan kegoncangan politik, terutama dalam golongan pembesar-pembesar negara. Adagolongan yang mendukunKamalat Syah dan ada pula yang berupaya supaya Syarif Hasyim Jamalul'lail diangkat menjadi Sultandan ada pula yang menghendaki agar Maharaja LelaAbdurrahim, keturunan Maharaja Lela DaengMansur, diangkat menjadi Raja. Dengan kecerdikan dan wewenangnya, Waliyu-Mulki, Mufti Besar KerajaanAceh Darussalam, Syekh Abdurrauf Syiah Kuala, kegoncangan itu dapat ditenteramkan kembali. SeRatu Kamaluddin Syah tetap diangkat menjadi Sutanah Kerajaan Aceh Darussalam."
Walaupun tantangan cukup berat dari golongan oposisi, namun Ratu Kamalat Syah, masih memikirkan pembangunan kerajaan, termasuk pembangunan ekonomi. Kebijakan Ratu sebelumnya dijalankan terus. Sementara hubungan dengan Belanda semakin meruncing, hubungan dengan negara tetangga terus dipelihara. Di samping itu beberapa perjanjian dengan Inggeris yang memberi keuntungan kepada kerajaan juga dilakukannya (termasuk hal-hal yang dapat melawan operasi VOC Belanda yang terus menggerogoti).
Pada waktu Ratu Kamalat sedang membangun kerajaan dengan rencana-rencana yang telah disahkan oleh Balai Majlis Mahkamah Rakyat, tiba-tiba tangan kanannya yang kuat, Syekh Abdurauf, meninggal dunia. Penggantinya sebagai Kadli Malikul Adil yang baru, tidak cukup kuat untuk menghadapi kaum oposisi yang akan menjatuhkan ratu, terutama dengan isyu tidak boleh diperintah oleh raja wanita. Malah menurut sebuah pendapat, Kadli Malikul Adil yang baru itupun menggabungkan diri dengankaum oposisi. Akhirnya, Ratu Kamalat Syah harus turun tahta, yaitu pada tanggal 20 Rabiul'awal 1109 H (1699 M), dan pada hari itu juga dinobatkan Syarif Hasyim menjadi Sultan Kerajaan Aceh Darussalam dengan gelar Sultan Badrul Alam Syarif Hasyim Jamaluriail. Dan berakhirlah pemerintahan Raja-Raja wanita dalam sejarah kerajaan Aceh.
Tujuh tahun setelah turun tahta, Ratu Kamalat Syah meninggal dunia pada tahun 1116 H (1705 M) dan dimakamkan bersama tiga orang Ratu sebelumnya dalam "Kandang Dua Belas"yang terletak dalam komplek Darud Dunia di kota Banda Aceh.